Classic の方では数ヶ月前から何度か回答もどきを書きましたが、今でも mka 関連で今でもたまに変わった質問をメールで送ってくる方がおられます。毎度毎度同じようなメールをテンプレで返すのにも非常に手間がかかりますので、3 点についてここに回答を書いておきます。
(tta+cue).mka の欠損問題の回避方法
この問題の回避方法は簡単です。「MKA 変換機」を使用することです。そうすればこの問題はなにも考えずとも回避できます。
なお、「mkvToolnix の新しいバージョンで merge/extract すれば欠損問題が起こらない」というのは明確な誤りです。これは私が以前に「mka：mkvToolnix 1.4.2 で TTA サンプル消失問題は解決」（2005-04-18）という形で報じたために生まれた誤解だと思いますので、これに関しては全く申し訳ない限りなのですけれども、既に該当の記事を確認していただければわかりますが既に「内容が不適切」との案内をしています通り、この記事の内容は 100 パーセント役に立たない内容となっています。
余談ながら言い訳を書いておきますと、この当時はこの問題が発生する原因さえつかめていなかったうえ、（当時は知る由もなかったことですが）この問題は特定の条件がいくつか重ならない限り発生しない問題だったため、1.4.2 が登場した後にいくつかのサンプルを利用してチェックにかけてみたところ偶発的に問題が発生しなかったのです…。上の記事はそういう背景のもとで書かれたものですが、その 4 ヵ月後に MUSIC PC の kazutomo さんからご指摘を受けて前述の記事内容の否定と再検証をエントリーしています。詳細はその後の記事を参照してください。後々、MUSIC PC さんとのいくつかの情報交換を経て（といっても解決策のほとんどは kazutomo さんが考えられたのですが…）この問題は大筋 timecodescale をあわせれば解決できることが確認されています。
前述の通り現在の私がすすめる (tta+cue).mka 制作方法は MUSIC PC さんにて公開されている「MKA 変換機」を使用することです（参考：「mka を簡単に作れる「MKA変換機」」（2005-10-16））。これだけで OK 。scale をあわせるための作業は死ぬほど手間がかかりますが、変換機はその面倒くさい作業を自動処理で解決してくれます。やり方を見るとちょっとだけ力技っぽく見えるかもしれませんが、今のところはもっとも正確です。おおまかな問題を解決することのできる MUSIC PC さん側で計算された解決方法のほか、それで損失が起こる場合に補完できるよう私の計算した解決方法も複合的に取り入れていただいています（ありがとうございます）。
なお、既に mka として梱包してしまったものを修正する方法は全くないのかといえばそんなことはありません。取り敢えず一発で解決する方法は、簡単に言えばコンテナを mkvToolnix の extract を使って割ると問題が起こり、梱包時のものをそのまま Splitter で取り出しただけでは中身が損失していないようですので、それ以外の方法で wav として取り出すような方法（動画向けの方法で分解してもいいし、ロスレス録音でもいける）を使えば欠損ゼロで取り出すこともできます。
mka に入れた cue シートの取り出し方
cue シートを現状では上述の「MKA 変換機」でいけます。
それで対応できないような場合は「(tta+cue).mka を分離して cue シートを抽出する」（2005-06-22）を参照してください。
mka にリカバリレコードをつける方法
あるわけないでしょ…
といいますか、そもそも mka は尻切れ状態でも余裕で再生できると思います。まあ実を言うと mka で試したことはないんですけれども、mkv は尻切れ状態になっちゃってても一応再生させられますから mka でもいけるはずです。
これはデメリットではなくメリットです。たとえば地球の裏側の FTP からもたもたと動画を落としてたら途中で切れちゃったよーってなときも、ある程度のサイズになっていれば途中までちゃんと再生させられます。avi だとこうなっちゃうとリジュームするか削除するしかありませんからね。こういう動画をよく落としている方にはありがたみをよく理解していただけるはず。
もちろんそういう場合をちゃんと想定してある matroska コンテナはファイルの整合性を破損した自身のみでチェックすることが出来ます。どの程度のファイルが欠落してしまっているかはヘッダと現在のファイルサイズを比較することで確認できます。
つーか冗談でも自慢でもなんでもなく私に質問される方が本当に結構いるんですが、そもそもこのサイトの中の人に質問してもほとんどの疑問は氷解しません。よく言ってますが、所詮私なんかただの新しいものが好きなだけのライトユーザーなので、「x264 の revision485 来たぜｲﾔｯﾎｫｫｫｩ」とかやってても「で、なにがかわったの？」と聞かれると黙ってしまいます。なのでまず疑問に思ったら検索をかけてみてください。メールで質問をされてくる方の疑問のほとんど、もう 98% 以上は検索すれば答えが出てきますし、Toolnix を含め各々のソフトにはファイル内に作者様のドキュメントが入ってますのでせめてそのあたりくらいは参照してほしいかなとマジで思ってます。あるいはこのサイトの記事も（ほとんど間違いだらけのスタブですが）多少は役に立つかもしれません。
いずれにせよ、調べればすぐにわかることですので、私の返答が遅いことに苛立つくらいならまずはそのあたりを見ていただければとお願いしたい次第です。
